（一）登录。 进入“进口在途农产品关税税率适用证明管理系统登录”界面后，可通过以下两种方式进入系统。 （1）IC卡登录：输入卡密码，点击“登录”按钮进入进口在途农产品关税税率适用证明申请系统。 （2）用户密码登录：输入用户名、密码，点击“登录”按钮后，进入在途农产品关税税率适用证明申请系统。 （二）申请。 特别提示：只有当该类农产品已经达到当年触发水平后，该系统才予以开放申请。 （1）点击左侧列表进入“适用证明申请”进入在途农产品关税税率适用证明申请。 （2）点击新增，弹出“确定要新增一份适用证明吗？”。点击“取消”，关闭该提示框。点击“确定”，进入新增界面。 （3）输入必填项。特别提示：同一份原产地证据文件不允许多次申请；同一份原产地证据文件上同一类别产品项下涉及多个税则号列的商品申请在途的，只选填其中某一个税则号列；商品数量应填该产地证上全部税则号列商品的总净重。 （4）点击“上传”按钮上传有关单证，附件需要修改时，点击“上传”按钮进行替换。 特别提示：附件必须为PDF格式且不能大于4M；实际到港单证请在其他单证栏上传。到港单证可以包括：港务局出具的DO提货单、12360-舱单信息查询截图等证明货物到港的单证。 （5）点击暂存，提示暂存成功，数据状态变为“暂存”。 （6）点击删除，弹出提示“确定要删除此适用证明文件吗？”，点击取消则取消该操作；点击“确定”，提示删除成功。 （7）点击申报，提示申报成功，数据状态变为“申报”。 （三）查询。 （1）点击左侧列表“适用证明查询”，进入查询界面。输入查询条件，点击查询，显示相应的申请列表,列表“状态”栏显示该证书目前状态,状态有“暂存”、“申报”、“申报失败”、“海关入库成功”、“海关入库失败”、“候补”、“当年该类在途农产品额度已满”、“海关审批通过”、“海关审批不通过”、“退单”。 (2) 选中该记录，点击“查看明细”，进入明细页面。 (3) 选中该记录，点击“查看回执”，可查看回执信息，回执信息包括“海关入库成功”、“海关入库失败”、“候补”、“当年该类在途农产品额度已满”、“海关审批通过”、“海关审批不通过”、“退单”。 特别提示：“海关审批通过”的申请在回执中显示“在途农产品关税税率适用证明编号”，该编号需在报关单申报时填写在备注栏中。